Salinillas de Buradón es una villa que ha logrado guardar su esencia lo largo del tiempo. Por ello, tras la rehabilitación de las murallas de inicios del siglo XX, no ha habido grandes cambios en el patrimonio que atesora. Sin embargo, en las fotografías antiguas que muestran la plaza mayor, aún sin asfaltar, sí que podemos comprobar cómo el palacio de los Condes de Oñate todavía no se encontraba en un estado de ruina tan evidente, puesto que conservaba los tejados. Por otra parte, en el interior de la iglesia, aunque el aspecto sea bastante similar, hay pequeñas variaciones. Los sepulcros renacentistas de Juana de Acuña y Enríquez y de su esposo Pedro Vélez de Guevara están a ambos lados del presbiterio, la ubicación que tuvieron antes de ser trasladados debajo del coro.

El espacioso interior queda cubierto por unas bóvedas estrelladas del siglo XVI. En la zona de la cabecera encontramos el altar mayor, con un retablo de cascarón de estilo rococó, completamente dorado, en el que destacan algunas figuras. En el medio encontramos a la Virgen flanqueada por los apóstoles San Pedro y San Andrés, mientras que en lo alto el Padre Eterno domina el retablo. En la predela vemos dos escenas en relieve que muestran la adoración de los pastores y de los magos. Este retablo ha sufrido un repinte de dudosa calidad que enmascara la calidad de la talla.

Existen varios retablos más distribuidos tanto por la nave como por las dos capillas laterales que forman el crucero. En la de la derecha encontramos el retablo del Santo Cristo, mientras que a la izquierda vemos el dedicado a la Virgen del Rosario.
El retablo más llamativo quizá sea el de las Ánimas del Purgatorio, que muestra un lienzo en el que los condenados se encomiendan a la Virgen del Carmen, acompañada por Santo Domingo de Guzmán y San Francisco de Asís.

Enfrente vemos un curioso retablo-relicario del siglo XVII en no muy buen estado de conservación. En la puerta central albergaba las reliquias de San Primo y San Juan Bautista, aunque las tallas que muestra en la actualidad, algunas de ellas reaprovechamientos de otros retablos, representan a San Roque, San Sebastián y San Carlos Borromeo.

Existe una capilla enrejada denominada de la Soledad donde encontramos todas las figuras que se empleaban para las procesiones de Semana Santa, incluyendo un Cristo yacente con los brazos móviles, para representar de forma teatral el descendimiento, una Virgen de la Soledad, una flagelación y un Cristo portando la cruz.

Sin embargo, la joya indiscutible que alberga esta iglesia son los sepulcros de Juana de Acuña y Enríquez y Pedro Vélez de Guevara, amb@s señor@s de la localidad. En la actualidad, se encuentran bajo el coro, aunque fueron movidos en varias ocasiones por el templo. En un inicio estuvieron una al lado de la otra, junto al altar mayor, pero posteriormente fueron situadas por separado a ambos lados del mismo hasta que, en época reciente, encontraron su actual acomodo bajo el coro.

Doña Juana murió en 1559, ocho años después que su marido, y dejó mandado en su testamento que se realizasen estos magníficos sepulcros, unos de los mejores de época renacentista que se conservan en Álava. Se desconoce la autoría de los mismos, pero debido a su gran calidad y a la cantidad de detalles escultóricos que tienen, se sospecha de los principales artistas que trabajaban por la zona en esos momentos, como Felipe de Bigarny o Berruguete.
Juana de Acuña y Enríquez está vestida como una alta dama de la época, con un elaborado recogido en el pelo, un lujoso vestido y joyas sobre el pecho. En las manos porta un libro y un rosario, y a los pies la acompañan una dama en miniatura y un perrito faldero. En el lateral se puede ver un escudo de su linaje sostenido por ángeles.

Pedro Vélez de Guevara va vestido de caballero, con armadura completa y una espada entre las manos. Sobre el pecho se distingue la cruz de Santiago, orden a la que perteneció en vida. Su armadura es un prodigio de elementos decorativos típicos del renacimiento, donde distinguimos leones y rostros en las articulaciones, correas y todo tipo de detalles a candelieri. A sus pies un pequeño escudero sujeta un yelmo. Del mismo modo que Juana de Acuña, un escudo sostenido por ángeles identifica la familia a la que pertenecía.